苗族被迫离开中原流入南方以后，由于官兵的欺压与剥削，起义斗争不断。封建王朝采取“兵剿”与“安抚”相结合，除了进行军事镇压外，允许“以蛮治蛮”、“以苗治苗”。先是建立羁縻州，任用各族首领为刺史，朝廷在各羁縻州驻军监守。后土司制度是羁縻州制度的进一步发展。土司制度最早始于南宋，元代普遍实施，明代发展完善，清初继承，是当时封建王朝统治南方包括苗族在内的少数民族的主要制度。
我国中原地区处于被边疆各部族包围的地理环境中，故中国历史是在与周围各部族对立、抗争中发展的。中国历代王朝都对如何统治周围各民族费尽心机，为适应各种情况分别采取了各种随机应变的策略，巧妙地制定了各种对少数民族的统治政策及周边附属国的外交政策。并且中国历代王朝对其他民族的统治政策，是基于中国独特的、传统的对边疆各民族的统治观念而制定的。从先秦时代的“五服之制”，汉代的“道”、“属国”、“初郡”，南朝的“左郡”、“左县”有直接关系，对后来明清时期实行土司制度也有影响。[1]
早在秦始皇统一中国后，即陆续在各地设置郡县，全国共为三十六郡。在当时苗族分布地区设有黔中郡、南郡、巴郡、象郡、长沙郡、桂林郡等，设官治理，征调赋役，并实行“以其故俗治”的羁縻政策。黔中郡是苗族比较聚居的地区，包括今湖南常德地区、怀化地区、湘西自治州、贵州的铜仁地区，湖北恩施自治州和重庆涪陵地区等。
关于“羁縻”的含义，《史记》载：“盖闻天子之于夷狄也，其义羁縻勿绝而已。”其注为：“羁，马络头也。縻，牛矧也。”《汉书》又云：“天子犹羁縻不绝。”其注曰：“羁縻，系联之意，马络头曰羁也，牛矧曰縻也。”《汉官注》记载：“马曰羁，牛曰縻，言制四夷如牛马之受羁縻也。”可见，“羁”为马缰绳，“縻”为牵牛绳，羁縻政策就是指中央王朝对周围各民族像牵引牛、马缰绳一样进行统治的怀柔之策，即中央王朝不破坏各民族内部业已形成的制度，承认其风俗、习惯，委任各民族内的首领治理所属，中央王朝对其实行间接的统治政策。
秦朝开始采用郡县制度并确立了中央集权制。汉朝进一步推行郡县制度，改黔中郡为武陵郡。并设置“道”、“属国”、“初郡”等行政单位，这是中央王朝对周围各民族实施的具体的羁縻政策。林超民认为“初郡”的特色为：郡县几乎设置于与部族连接的范围内；任命太守、县令、长史掌治郡县，任命部族首领为王、侯、邑长等，流官掌治土地，土官治理属民；初郡出赋，土长缴纳土贡，无征调；太守掌管军事，军队由内地派遣，担任武备。[2]
三国时，魏在北方据有中原，在长江以北也居住有一部分苗族。苗族主要分布区即长江流域及其以南地区，为蜀、吴两国统治。蜀国据有巴郡、涪陵郡、 郡；吴国据有长沙郡、零陵郡。武陵郡则为蜀、吴两国的争夺地带。三国连年征战，使得不少苗族向西向南逃迁。
两晋、南北朝时期，在江汉地区的部分苗族，被称为“荆雍州蛮”，主要分布在宜都、天门、巴东、建平各郡。在江淮地区的部分苗族，散居在九江郡、庐江郡、南阳郡等。这些郡县一般称为“内郡”，由封建王朝直接派官治理。除内郡外，苗族聚居的其他郡一般称“边郡”或“初郡”。“边郡”、“初郡”内又设有“左县”、“右县”，实行“以其故俗治”的羁縻政策，对少数民族首领进行笼络，并予以封官赐爵，使之“复长其民”，世领其地。
隋朝建立在南北朝分裂割据之后。据《隋书》记载，每州所管不到3郡，每郡有的只管2县，有的州竟无县可领。而东汉末年初行州郡县3级制时，1州往往辖有郡10个左左，每郡领10几个县不等。故实际上州直辖县，郡同虚设。实行了400多年的州郡县三级制已完全丧失了原意。隋文帝即把州、郡、县3级改为州、县2级。在南朝“左县”、“右县”的基础上开始在少数民族地区设立羁縻州。羁縻州其酋遣使朝贡。隋朝存在的时间尽管很短，建立正式行政区域实施有效管辖的范围却超过了以往。
唐朝前期，国力强盛，边疆各族多“内附”。唐朝为了笼络各族首领，在南方普遍建立羁縻州，任用各族首领为刺史，以达到“以蛮治蛮”之目的。根据《新唐书》卷43《地理七下·羁縻州》记载，在江南道，黔州都督府管下的羁縻州有51个，羁縻县51个；在岭南道，桂州都督府管下的羁縻州7个，羁縻县21个；邕州都督府管下的羁縻州26个，羁縻县9个；安南都督府管下的羁縻州41个，羁縻县53个；峰州都督府管下的羁縻州18个。所在江南道和岭南道的羁縻州共143个，羁縻县134个。这些羁縻州、县由多少户构成，因“版籍，多不上户部”。
宋朝基本上沿袭了唐朝羁縻州制为基础的羁縻政策。对唐朝册封的非汉民族的首领，仍作为羁縻州、县、峒的世袭长官。宋朝在苗族地区设置的羁縻州、县、峒，主要在当时的荆湖路、夔州路、成都府路、潼州府路、广南西路等，即主要分布在今天的湖北、湖南、四川、贵州、广西一带。根据《元丰九域志》卷10《羁縻州》条记载，在荆湖路之江北、江南一带共有羁縻州38个，广南西路宜州管下的羁縻州有13个。又据《宋史》卷90《地理六·广南西路》载，邕州管下左、右江一带有羁縻州44个，羁縻县5个，羁縻峒11个。《桂海虞衡志、志蛮》载：“分析其种落，大者为州，小者为县，又小者为峒。……推其雄长者为首领，籍其民为壮丁。……有知州、权州、监州、知县、知峒。”尤其指出的是，宋朝乃实行“树其酋长，使自镇抚”的羁縻政策，并在苗族聚居的武陵五溪地区设乡兵、乡勇，乡兵都是当地少数民族，由“选自户籍”中贫苦的“下户充当”，其中苗族乡兵、乡勇最多。其首领如正副都指挥使、兵马使、都头等，则由苗瑶等族中的“有物力户”担任。乡兵“授以闲田”、“各行其便”。
元朝统一全国后，为了巩固其统治，建立了一整套政权机构。但对南方“蛮夷”各少数民族，除了采取重兵镇压和防范其反抗外，比较注意“绥抚”，尽量保留各“蛮夷”首领的权利和“蛮夷”地区的自理自治制度。在行省下不设州（府），而设招讨司，宣慰司，宣抚司，安抚司，长官司等。《贵州通志》载：“元置省溪坝场蛮夷长官司，隶思州宣慰司……元世祖至元二十七年八月辛卯，诏谕思州省、提（省溪司、提溪司）洞官杨都要招安叛蛮。”在行省之下设置宣慰司、宣抚司、安抚司、招讨司，并对当地土著中有势力的人，授与宣慰使、宣抚使、安抚使、招讨使等。另在总管府、土府、土州、土县设置总管、土知府、土知州、土知县等官职。并且，被任命为宣慰使等官职的，都从元朝获得正式的诰敕、印章、虎符等，朝廷对他们的承袭办法、升迁、惩罚有着明确规定。他们有朝贡、赋税、赋役等任务，在军事上也要服从征调。
土司制度又是羁縻州制度的进一步发展。它最早始于南宋，元代普遍实施，明代发展完备，清初继承，直至清朝中叶“改土归流”时为止。元朝统一中国后，为了求得安宁，对西南各族首领授以大大小小的土司官职。当时仅在贵州的苗族地区，就建有八番顺元宣慰司都元帅府(今贵阳)，乌撒、乌蒙宣慰司(今威宁、赫章、水城)，播州宣慰司(今黔北遵义地区，思南宣慰司，思州宣慰司；同时还建新添葛蛮(今贵定)和罗番葛蛮(今惠水)等十二个宣抚司。在宣慰司、宣抚司内又设“土府”、“土州”，属于土司管制范围，不同于内地府州是流官统治。
明代土司制度发展更加完备，在苗族分布地区设立的土司大小有数百个。在贵州境内有贵州宣慰司、水西宣慰司，另外还有七十五长官司和若干个安抚司、宣抚司。在四川境内，有川东的酉阳宣慰司，川南的永宁宣慰司，以及乌蒙、东川、芒部三个土府等。在云南，主要有广南、临安、曲靖、武定、楚雄等土府。桂北和黔南，主要有管辖红水河南北岸的泗城土府。在湖南境有永顺宣慰司和保靖宣慰司等。在在湖北有施南、散毛、忠建、容美四个宣抚司。在各地的大土司下面，又各有若干土州、土县及长官司。
明代在苗族地区完善发展土司制的情况，《明史》中有较为详细的记载。(在湖南)，明，永顺军民宣慰使司，洪武2年为州，12月置永顺军民安抚司。6年12月，升永顺军民宣慰使司，属湖广行省，寻改属湖广都司，领州3长官6：南渭州、施溶州、上溪州；葛(腊)惹(尔)洞、麦着黄洞长官司、驴迟洞长官司、施溶溪长官司、白崖洞长官司、田家洞长官司。保靖州军民宣慰使司，洪武元年9月，改保靖州安抚司为宣慰使司。6年12月，升为保靖军民宣慰使司，直隶湖广行省，寻改隶湖广都司，领长官2：五寨、竿子坪。(在广西)，洪武2年置南丹军民安抚司，3年罢置庆远府及卫，7年置南丹州属庆远府。(在四川)，洪武5年酉阳宣慰司朝贡，置酉阳州。8年改为宣抚司，领千茶、邑梅、麻鬼、石耶4长官司。天启元年有功加宣慰使。(在湖北)，洪武14年，置施州卫军民指挥使司，先属四川都司，后改属湖广都司，其下领有宣抚司、安抚司、长官司、蛮夷长官司。如施南宣抚司、散毛宣抚司、忠建宣抚司、容美宣抚司；忠路安抚司、忠孝安抚司、金峒安抚司、中峒安慰司、忠峒安抚司、龙潭安抚司、忠建安抚司、大旺安抚司、高罗安抚司；摇把峒长官司、上爱茶峒长官司、下爱茶峒长官司、剑南长官司、思南长官司、盘顺长官司、椒山玛脑长官司、五峰石宝长官司、石梁下峒长官司、水尽源通塔坪长官司、木册长官司、镇南长官司、唐崖长官司、镇远蛮夷长官司、隆奉蛮夷长官司、西坪蛮夷长官司、东流蛮夷长官司、葛壁峒蛮夷长官司。[3]
土司制度是一种经过充分发展和完备的封建政治制度，它设有一套完整的统治机构～土司衙门，有掌管各种事务的官员，设有监牢，使用刑具等。
土司有文职和武职两种。武职，如宣慰使、安抚使、长官及土千百户之类，武职掌握军队；文职不掌握军队，如土知府、土同知、土通判、土县丞、土巡检等。土司在隶属上，武职中较大者如宣慰使、安抚使、宣慰同知，属各省布政使司；较小的如长官司、百户等，有属于宣慰司、安抚司的，也有属卫所的。文职土司大者如土知府、土知县等，使布政使司，小者属府州县。
明朝在苗族地区设置的土司，大都属于武职，都有自己的武装。在贵州湘西鄂西川东一带称为“土兵”，湘西南一带称为“洞丁”。土兵或洞丁分为两种：一种是人数不多的职业兵，即世职兵；另一种是由广大的农奴组成，平时各在家耕种，有事则聚集为兵。由于土司领地内苗族多，苗兵在土兵中占有很大份量。比如贵州宣慰同知宋氏、播州宣慰使杨氏的土兵，就以苗族为主体。
苗族地区较大的土司，都是唐宋以来羁縻州土官的后裔，一般都有几百年的宗祚继承史。由于土地世代承继，官职世代相袭，淫威代代积累，年长月久，就形成了极端专横的封建统治阶级的帮凶。土司是其辖区内独一无二的土皇帝，他们对人民可以为所欲为，“取其牛马，夺其妻女，生杀任性。”“千百年来，夷法荼毒，控诉无门。”湘西永顺、保靖土司审理民面词讼，未审前，凡被告都要罚钱，审后输方要交“赔罪钱”，胜方要纳“谢恩礼”，无力缴纳的人，就没收其家产，折卖其人口。思南土司田宗鼎在城南河边一个叫香炉滩的地方，“日刑数人。”土司的刑罚有戴铁枷、坐刺笼、穿木靴、锥刺、开水烫、火烧四肢、铁刷刷身等等，“残酷之状，口不忍言。”严重的还以各种办法处死，死者家属不仅不能伸冤，而且还得照例向土司缴纳二十两至六十两的“沾刀钱”。
清朝取代明朝后，清初沿袭土司制。由于当时清朝的统治还尚未巩固，要以主要力量对付汉族人民的反抗，对明设置的土司不能不采取笼络迁就的政策，除了对参加抗清的土司进行镇压和裁革外，其余的只要表示归附，就一律准予袭职。比如，“清初，永顺、保靖各司降，准袭旧职。” [4]“清顺治4年，桑植宣慰司归附，授原职”。[5]自李定国抗清斗争失败和“三藩之乱”削平后，国内已不存在大的反抗斗争了。从康熙年间起，就开始采取加强中央集权，逐步削弱和消灭土司的政策。
康熙4年，即先后废除了云南教化三部长官史、王弄山长官司和蒙自等处土官。康熙5年，以土官安坤故地“胧胯、的都、朵你、阿架四则溪”设平远府于比喇，22年改为平远州。雍正6年，永顺宣慰司“纳土”，置永顺县，为永顺府附廓县。分永顺白崖洞地置龙山县。保靖宣慰司，雍正7年“纳土”，置保靖县。桑植，明置安抚司……雍正4年，因仇杀改流，置桑植县。施溶州麦着黄峒、驴迟峒、白崖峒、田家峒等4长官司均在雍正5年 “纳土”，以其地并入永顺、龙山、桑植、保靖等县。雍正5年，裁施州卫，建恩施县。后又分别建鹤峰州，利川、宣恩、咸丰、来凤等州县。雍正12年，酉阳宣慰使因事革职，以其地设酉阳直隶州。[6]
在苗族聚居的贵州，清康熙初，将安氏“法戈、火着、木胯、架勒四则溪”设大定府。康熙4年5月，将安氏“以着、则窝、雄所三则溪”设黔西府。吴三桂平乌撒，5年9月，改乌撒土府为威宁府。清安龙长官岑继禄导清军克安龙府有功，改为泗城土知府。康熙5年改土归流，置西隆州。裁安南所入安笼所。6年设南笼厅。康熙10年12月，省黄平所入州。11年省清平卫入县。康熙26年，裁偏桥卫入县，移县治卫城。裁毕节、赤水二卫，建毕节县。革平坝卫，“范承熏《改设州县疏》言平坝卫当孔道，管理驿站，应改设一县，即名安平县，以附近之柔远所附之。”。康熙28年，黎平军民府裁去“军民”为常府。雍正5年，开苗疆置古州厅，7年设古州镇，驻总兵、游击等员，安兵300。雍正6年，开苗疆置丹江厅。8年开苗疆置清江厅。11年置台拱厅。
土司制度经过元、明400多年的发展，至清初，土司军政合一的政权机构与封建王朝矛盾日益尖锐。土司占有大片领地，拥兵自居，对抗中央，违背了中央王朝利用土司加强对少数民族统治的宗旨。土司兼并争斗，战祸彼起，民不聊生。各地土司对土民的政治压迫与经济剥削，使得人民怨声载道。雍正皇帝曾下过诏谕云：“向来云贵川广及楚省各土司，僻在边隅，肆为不法，扰害地方，剽掠行旅，且彼此互相仇杀，争斗不休，而且所官辖苗蛮、尤任意残虐，草菅人命，罪恶多端。”张天如在《永顺小志》中称土司统治“无礼仪，无法度，虽居中国，邈若海外”。在这种局势下，土司制度已不适应整个社会发展需要了。康熙43年，清政府开始实行“改土归流”的政策，设立流官，打破元、明以来“蛮不出境，汉不入硐”的禁令，这样有利于国家统一，有利于少数民族与汉族经济文化交流，促进民族大融合，逐步达到少数民族地区与内地的一体化。康熙46年（公元1707年）腊尔山地区苗族同胞起来反抗清政府的压迫，偏沅巡抚赵申乔带兵进行镇压，命五寨司土司田宏天筹办军粮。田宏天筹粮不及，赵申乔以违抗军令论处，奏请皇上革去田宏天土司长官职，裁革停袭。《凤凰厅志》述“五寨司革职土官田宏天隐瞒熟田”。严如煜在《苗防备览》中说：“五寨长官司田宏天等肆行不法，贫暴虐苗，苗民赴不已，巡抚赵申乔请革裁停袭，苗民极以为便。”[7]
从历史上看，封建统治者所采取的羁縻政策及土司政策，在一定程度上缓解了民族矛盾，但深层次的矛盾并非解决。苗族是一个因战败而不停地流徙的民族，同时又是一个反抗斗争精神很强的民族。“一切民族压迫都势必引起广大人民群众的反抗，而被压迫民族的一切反抗趋势，都是民族起义。”[8]
西汉末年(公元5年)，王莽篡政，人民怨声载道，从而暴发了绿林军、赤眉军的起义。武陵郡的苗族、瑶族和其他民族，以田强为首，在酉阳(今湖南永顺一带)起义，势力扩大到沅水东西两岸，有力地配合了荆州绿林军的斗争。后这次起义被镇压。东汉初期，建武23年(公元47年)，武陵蛮精夫相单程率众起事，“大寇郡县”。汉光武帝先是派武威将军刘尚率武陵、南郡、长沙三郡兵一万多人弹压，刘尚阵亡。后派伏波将军马援率大军四万多人征讨，武陵蛮奋力抵抗。后经朝廷命使与苗瑶等各族人民订约，允许“以蛮治蛮”，武陵蛮才表示“输成归附”。
从建初元年到元初3年(公元76—116年)的40年中，武陵苗族和各族人民发动了一系列起义。建初元年有“澧中蛮”(今湖南澧县)陈从起义，同年冬“零阳蛮”(今湖南慈利、大庸)响应，“攻城杀长吏”，东汉王朝抽调九个郡的兵力，花了近两年的时间才将起义镇压下去。永元4年(公元92年)，缕中(今湖南慈利、石门)和澧中等地苗族和其他民族，以“郡县徭役失平，怀怨恨”，联合充州各族起义，焚烧官衙，阻绝交通，捕杀官吏，最终被朝廷所击败。
永和元年(公元136年)，武陵蛮大规模反抗“增其赋税”，“遂杀乡吏，举种反叛”。元嘉元年(公元151年)，武陵辰阳(今湖南辰溪、麻阳)和零陵郡的都梁(今湖南武冈)的苗族人民，因反对官府征收高额赋税，以詹山为首举行起义，“拘执县令，屯结深山”，在武冈山一带屡次打败官兵。东汉王朝于永兴元年(公元153年)，被迫撤换太守，又派使者对苗蛮进行“安抚”，和平解决了事。永寿三年(公元157年)，武陵、零陵、长沙各郡发生饥荒，饿殍载道，苗、瑶等族起义，占领益阳。武陵各族亦同时响应，进攻郡城临沅，继而趁胜东进，打下了长沙。
南朝刘宋元嘉18年至21年(公元441—443年)，缕中、当阳苗族和其他各族人民起义，刘宋王朝派荆州刺使沈庆之镇压，实行残暴的烧掳杀戮。元徽3年(公元474年)，刘宋王朝大增租赋，并派出使者向五溪人民勒索赋税一千万金，在遭到拒绝之后，就以“禁断鱼盐”相威协，五溪苗族忍无可忍，相率起义，直打到武陵(今湖南常德)城下，后终因南朝残酷镇压而失败。
北朝天和元年(公元566年)，荆、雍州一带的苗族和其他少数民族，以冉令贤为首，在南阳、襄阳、信州、亭州一带，举行大规模起义，多次打败北周军队。后来，北周派陆腾、司马裔等率水陆大军数万人围攻镇压，又对义军进行分化瓦解，最终将义军击败。这次起义，义军被杀被俘各有一万余人。[9]
南宋孝宗末年，在凤凰境内也发生了一起大规模的蛮民起义。“宋朝年末，宇宙静宁而边关纳贡，浩浩荡荡，犹系雍熙之世而已。谁知荆楚蛮辰关内区，而出反王贼寇，地名堡市，龙宝寨龚之德，及四都、龙潭、乔地的龚之奇，而高都，低都称亦罗王也。并周彦周德兴，奇梁何车也，斯人也，满身鱼甲而颈肉，而众之鬼也。带领蛮兵猖獗，上掳滇黔，下掠荆湘，兵民客商，无不受害焉。”[10]《凤凰厅续志》亦载：“后数年，辰郡土蛮叛，贼首龚之德、之奇史弟据堡市、龙宝寨，伪号罗王，别窟四都、龙潭桥，焚掠泸、麻一带。而杜夜（在厅治东十里）蛮酋何车尤枭横，僭称鸡冠大王，高都乱民周彦、周德星勾峒苗应之，精挑悍贼九千蹂躏楚边，湘西大扰，常德郡守鄢尔荣请发大军并剿。”宋王朝在南北江地区“经制蛮事”，建制设官，“择要地筑城”，立堡屯兵，将五溪归附版籍。加之金军多次侵犯宋朝，战争不休，朝野混乱，政府南迁。官府横征暴敛，加强了剥削和统治，弄得人们民不聊生。这就必然给五溪地区的少数民族人民带来了灾难和痛苦，不可避免地引起了人民的反抗，各地烽烟四起。建炎四年（公元1130年），五陵地区爆发了钟相、杨么领导的农民起义。绍兴元年，武岗杨再兴又举义旗起兵。乾道六年（公元1170年）卢阳“西据僚”杨添朝领导的苗、侗、瑶民起义，淳熙三年（公元1176年），靖州又有以姚明为首的少数民族起义。他们的起义时间为数年、数十年之久，“湖湘骚动，兵不得息”。[11]
从康熙42年(公元1703年)起，清朝庭在西南各民族地区实施“改土归流”，以流官统治代替土司统治。康熙死后，雍正即位，将“改土归流”全面展开。雍正4年(公元1726年)，云贵总督鄂尔泰上奏清朝庭，建议全面实行改土归流。雍正准奏，并任命鄂尔泰为云南、贵州、广西三省总督，以便其全权行事。雍正4年，鄂尔泰首先用兵于乌蒙、东川、芒部，镇压了土司们的联合反抗，以其地设立了乌蒙府、东川府和镇雄府，并将投降的禄鼎坤等土司远徙河南和江西，以绝后患。如前所述，从雍正5—13年，在鄂西设置了施南府和恩施、宣恩、来凤、咸丰、利川、建始6县，在湘西设永顺府和永顺、龙山、桑植、保靖4县，在川东设酉阳直隶州和秀山、黔江、彭水等县。
在贵州，从康熙初年废除水西安氏土司后，余下土司虽多但势力不大，鄂尔泰认为“贵州苗患甚于土司”，改土归流主要是要开辟苗疆。因此，他上疏朝廷改土归流时指出，这一带(指黔东南)没有土司，而苗人反抗性很强，故“归流”之法，“非用大兵不可。”①从雍正6—11年，清朝廷在黔东南用兵6年，开辟设置了“新疆6厅”。即是：雍正6年设的八寨厅(今丹寨)和丹江厅(今雷山)，雍正7年设古州厅(今榕江)，雍正8年设清江厅(今剑河)，雍正9年设都江厅(今三都)，雍正11年设台拱厅(今台江)。“新疆6厅”或“新设6厅”，分属镇远、黎平、都匀三府。清朝廷强力推行“改土归流”和武力开辟“苗疆，引发了三次苗民大起义。
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